Pelaksanaan salat istikharah tak ada bedanya dengan salat biasa. Hanya dua raka'at. Niat saat takbiratul ihram. Yang Artinya:
aku salat sunnat istikharah karena Allah SWT.
Pada raka'at pertama, setelah membaca al-Fatihah disunatkan membaca surat al-Kaafiruun, dan
pada raka'at kedua (setelah al-Fatihah) membaca surat al-Ikhlas. Setelah salam membaca doa:
Ya Allah pilihkanlah untukku dengan kekuatan ilmu-MU, tentukanlah untukku dengan kehendakmu, aku minta kemurahanMU yang sangat luas, karena Engkaulah yang bisa menentukan sesuatu dan aku tidak bisa, Engkau maha mengetahui apa yang tidak ku ketahui, dan Engkaulah yang paling tahu hal-hal yang ghaib. Ya Allah, jika sesuatu ini menurutMU baik bagi diriku, kehidupanku dan kesudahan perkaraku maka pilihlah dia untukku dan mudahkanlah dia bagiku kemudian berkahilah, dan seandainya ini menjadi malapetaka bagiku, agamaku, kehidupanku dan kesudahan perkaraku maka jauhkanlah dia dariku sejauh-jauhnya, dan berilah aku kebaikan di mana saja berada dan ridhailah aku karenanya. (disunatkan sebelum dan sesudah berdo’a membaca hamdalah dan shalawat)
Setelah selesai berdo’a, biarkan Allah memberi hidayah kedalam hati kita (sampai kita menemukan kemantapan) untuk memimlih. Dan apabila masih juga ragu-ragu, maka disunatkan mengulangi salat istikharah itu sampai menemukan kemantapan. Sebagaimana Rasulullah pernah menyuruh sahabat Anas bin Malik untuk mengulangi salat istikharahnya karena dia masih ragu-ragu.
Dan apabila kita berhalangan atau tidak mampu melakukan salat istikharah maka disunatkan untuk membaca do’anya saja.
